Ao longo de sua história o CEPSUL contou com a parceria de diversas instituições para sua estruturação e atividades, dentre as quais destacamos:
Desde o início de sua operação em 1995, o Navio de Pesquisa (NPq) Soloncy Moura, de propriedade do ICMBio, foi apoiado pela SECIRM. Primeiro como parte do REVIZEE (Avaliação do Potencial Sustentável de Recursos Vivos na Zona Econômica Exclusiva) e, depois, da ação Avaliação, Monitoramento e Conservação da Biodiversidade Marinha (REVIMAR). Também já foram realizados cruzeiros para o Programa de Avaliação da Potencialidade Mineral da Plataforma Continental (REMPLAC).
Atualmente, o X Plano Setorial para os Recursos do Mar (X PSRM), com vigência de 1º de janeiro de 2020 a 31 de dezembro de 2023, tem objetivos estabelecidos para atender aos interesses político-estratégicos do Brasil no mar.
Dentre as ações do X Plano Setorial para os Recursos do Mar (X PSRM) está a Avaliação, Monitoramento e Conservação da Biodiversidade Marinha (REVIMAR), coordenada pelo Ministério do Meio Ambiente - MMA.
Neste sentido, as atividades desenvolvidas pelo CEPSUL estão inseridas no REVIMAR, que visa ao estabelecimento de bases científicas e ações integradas capazes de auxiliar políticas e ações de conservação marinha, assim como estratégias para o uso sustentável de seus recursos vivos.
A parceria com outros grupos de pesquisa e instituições sempre fez parte da estratégia do CEPSUL para desenvolver pesquisas com o objetivo de aprimorar as políticas e medidas de conservação da biodiversidade marinha brasileira. Alguns exemplos de instituições parceiras são:
